Năm 1947, McClintock nhận Giải thưởng Thành tựu của Hiệp hội Phụ nữ Đại học Hoa Kỳ. Bà được bầu là Thành viên của Viện hàn lâm Khoa học và Nghệ thuật Hoa Kỳ năm 1959.[68] Năm 1967, McClintock được trao Giải Di truyền Kimber;[69] ba năm sau, bà được trao tặng Huy chương Khoa học Quốc gia bởi tổng thống Richard Nixon vào năm 1970.[64][70] Bà cũng là người phụ nữ đầu tiên được trao tặng Huy chương Khoa học Quốc gia.[71]Cold Spring Harbor đã đặt tên một tòa nhà mang tên bà năm 1973.[33] Bà nhận Giải thưởng Quỹ Louis và Bert Freedman và Giải Lewis S. Rosensteil năm 1978.[69] Năm 1981, McClintock trở thành người đầu tiên nhận Giải MacArthur, và cũng trong năm này được trao Giải Albert Lasker cho nghiên cứu Y học cơ bản,[72] Giải Wolf về Y học và Huy chương Thomas Hunt Morgan bởi Hiệp hội Di truyền Hoa Kỳ. Năm 1982, bà nhận giải Giải Louisa Gross Horwitz của Đại học Columbia cho nghiên cứu về "thông tin di truyền và kiểm soát sự biểu hiện của nó."[73][33]

Nổi bật nhất là, McClintock nhận Giải Nobel Sinh lý học và Y khoa năm 1983, và là người phụ nữ đầu tiên chiếm trọn giải Sinh học này,[61] theo như Quỹ Nobel vì khám phá "các yếu tố di truyền vận động";[74]sau hơn 30 năm khi lần đầu tiên bà miêu tả hiện tượng các yếu tố kiểm soát. Bà được so sánh ngang hàng với Gregor Mendel theo sự nghiệp khoa học bởi Viện Hàn lâm Khoa học Hoàng gia Thụy Điển khi bà được nhận Giải Nobel.[75]

Bà được bầu chọn là thành viên ngoại quốc của Hiệp hội Hoàng gia (ForMemRS) năm 1989.[76] McClintock nhận Huy chương Benjamin Franklin cho Thành tựu nổi bật trong Khoa học của Hiệp hội Triết học Hoa Kỳ năm 1993.[77] Bà được trao 14 bằng Tiến sỹ Khoa học danh dự và một thư Tiến sỹ Nhân văn danh dự.[33] Năm 1986, bà được giới thiệu vào Đại sảnh Danh vọng Phụ nữ Quốc gia. Trong những năm cuối đời, McClintock hướng đến một cuộc sống công khai hơn, đặc biệt là sau cuốn sách tiểu sử năm 1983 của Evelyn Fox Keller, A Feeling for the Organism, đã đưa câu chuyện của McClintock ra công chúng. Bà vẫn có mặt thường xuyên trong cộng đồng Cold Spring Harbor, và đã nói chuyện về các yếu tố di truyền vận động và lịch sử nghiên cứu di truyền vì mục đích phổ biến đến các nhà khoa học trẻ. Một tuyển tập gồm 43 ấn phẩm của bà The Discovery and Characterization of Transposable Elements: The Collected Papers of Barbara McClintock đã được xuất bản vào năm 1987.[72]

Giải McClintock cho nghiên cứu về di truyền và bộ gen được đặt tên để vinh danh bà.[78] Những người được giải bao gồm David Baulcombe, Detlef Weigel, Robert A. Martienssen, Jeffrey D. Palmer và Susan R. Wessler.[78]